El principal òrgan de govern de FemCAT és el Patronat.

Es reuneix un cop al trimestre i és responsable de la presa de totes les decisions que afecten FemCAT: la seva estratègia, actuacions i gestió.

Estatutàriament, el Patronat s’ha de renovar cada tres anys. És costum, però, que es renovi un cop cada dos anys, amb la rotació d’aproximadament un terç dels seus membres i coincidint amb el canvi de president.

Un cop exhaurit el mandat, un president no pot tornar a ser escollit, però pot ser designat Patró d’Honor, càrrec que li dóna dret de veu i vot en aquest òrgan.